【準備】
モンスター15枚、マジック15枚のデッキを二つ用意する。
片方のデッキ（デッキA）は、前半15枚がモンスター、後半15枚がマジック。
もう一方のデッキ（デッキB）は、頭から１枚ずつ交互にモンスターとマジックを並べたもの。

【調査方法】
センターモールにてシミュレーター相手にデッキA、デッキBを用いてバトルを行い、バトル開始時の５枚の手札にモンスター、マジックが何枚ずつあるかの統計を取る。
バトルはデッキA、デッキBそれぞれで50回ずつ行い、初期手札のリドローを必ず行って、リドローの前後で別々に統計を取る。

【予想】
シャッフルの偏りが大きいなら、デッキAとデッキBで、「モンスターの数:マジックの数」の出現比率に差が出るはず。
つまり、モンスターが２枚または３枚である確率は、デッキBの方がデッキAより高くなり、逆にモンスターが０枚または５枚である確率は、デッキAの方がデッキBより高くなるはず。

【調査結果】
下記の表は左から順番に
・モンスターの数:マジックの数
・デッキA、リドロー前の統計
・デッキA、リドロー後の統計
・デッキB、リドロー前の統計
・デッキB、リドロー後の統計
となっています。
数値の桁ズレを防ぐため、数字が１桁の場合は頭に 0 をつけて表記しています。

5:0 | 01 | 01 | 01 | 01
4:1 | 07 | 04 | 10 | 09
3:2 | 14 | 16 | 18 | 13
2:3 | 16 | 21 | 16 | 22
1:4 | 10 | 07 | 03 | 05
0:5 | 02 | 01 | 02 | 00

また、モンスターの数とマジックの数を入れ替えたもの（ 5:0 と 0:5 など）を同じとみなすと、下記の表になります。

5:0 | 03 | 02 | 03 | 01
4:1 | 17 | 11 | 13 | 14
3:2 | 30 | 37 | 34 | 35

【考察】
デッキAとデッキBで、「モンスターの数:マジックの数」の出現比率に明確な差は見られなかった。
また、リドローの前後では、ややリドロー後の方が偏りが小さいように見られるが、明確な傾向があるとは言えない。


そういうわけで、デッキ内のカードの並び順に関しては気にしなくても良さそうです。
なお、今回の調査では、何回試行してどれだけの偏りが見られれば統計的に有意か、というレベルでは考えてないので、気になる人は自分で続きを調べてみてください。